Поместите ваши файлы xslt в тот же пакет, что и класс, использующий их (или в корневой каталог проекта), а затем используйте Class.getResourceAsStream с путем "file.xslt" или "/file.xslt" - этот метод выполняет поискclasspath для указанного ресурса.
Таким образом, когда проект будет собран, ресурсы (такие как эти файлы xslt) будут скопированы в соответствующие каталоги с файлами * .class и соответственно помещены в файл jar.
Например, когда класс MyClass и файл 1.xslt находятся в одном пакете:
InputStream xsltIn = MyClass.class.getResourceAsStream ("1.xslt");
И если файл 2.xslt находится в исходном корне (пакет по умолчанию без имени):
InputStream xsltIn = MyClass.class.getResourceAsStream ("/2.xslt");