Вы должны создавать различные проекты в своем решении (при условии, что вы работаете в Visual Studio).
Каждый проект может иметь несколько файлов (класс, ресурс, форма и т. Д.) И будет скомпилирован в разные сборки (библиотеки DLL). Для каждого проекта вы можете указать настройки (имя сборки, целевая структура и т. Д.).
Классы из разных проектов могут «использовать» друг друга, делая ссылки из одного проекта в другой. Кроме того, разные проекты могут указывать одни и те же пространства имен, чтобы вы могли структурировать приложение по собственному желанию.
См. Структурные решения и проекты