Я не знаю, является ли это лучшим ответом, но я нашел способ получить часть того, что искал.Если вы игнорируете параметры ширины / высоты или используете «100%», то команда setViewBox может использоваться для настройки вашей собственной системы координат.
var canvas = Raphael("container");
canvas.setViewBox(0, 0, 1, 1, true);
Проблема, конечно, в том, что это масштабирует все,включая обводки, фоны и т. д. Это затрудняет использование таких элементов, как ширина обводки, отличная от 1px.