Предполагая, что вы используете JRun под Windows, вы можете настроить время ожидания диспетчера служб Windows. См. Как отладить службы Windows и выполнить поиск на этой странице «30 секунд». Сразу под этим вы увидите раздел реестра, который вы можете редактировать.
По сути, вы добавите создание нового ключа DWORD:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\ServicesPipeTimeout
значением этого ключа будет количество миллисекунд, в течение которых должны запускаться службы. Это глобальная настройка, а не только для службы JRun.