Я не совсем уверен, что это решит вашу проблему, но мы также заметили странное поведение с фильмами .webm в Firefox 11 (только в Windows): точка воспроизведения видеоэлемента автоматически переходит к концу фильма, даже если вы откройте файл явно, т.е. без окружающей HTML-страницы. Это, конечно, делает все настройки автозапуска непригодными.
Нашим решением было изменить порядок источников, чтобы Firefox предпочел файлы .ogg, а не .webm - больше не нужно было ничего менять в HTML-коде.