Вам необходимо использовать командную строку .Причина в том, что вам нужно поместить файл gitignore в родительский каталог ваших проектов Eclipse, но вы не можете увидеть этот каталог в рабочей среде Eclipse (так как проекты Eclipse являются объектами верхнего уровня).
Например, выУ вас есть 2 проекта Eclipse, которые хранятся в этом хранилище
\ mygitrepo \ project1
\ mygitrepo \ project2
, затем просто добавьте файл .gitignore в каталог mygitrepo.