Из личного опыта, я рекомендую делать оба. У меня автоматическое резервное копирование установлено на 8 дней, а затем у меня также есть скрипт, который будет делать снимок один раз в день и удалять снимки старше 7 дней. Причина в том, что из того, что я понимаю, есть определенные ситуации, когда вы не можете восстановить из автоматического резервного копирования. Например, если вы случайно удалили свой экземпляр RDS и не сделали окончательный снимок, вы не сможете получить доступ к выполненным автоматическим резервным копиям. Но также полезно включить автоматическое резервное копирование, поскольку это обеспечит восстановление на определенный момент времени.
Надеюсь, это поможет.
EDIT
Чтобы ответить на ваш комментарий, я использую определенное соглашение об именах, когда мой скрипт создает моментальные снимки. Что-то вроде:
autosnap- имя_экземпляр -2012-03-23
Когда он собирается выполнить очистку, он извлекает все снимки, ищет это соглашение об именах, анализирует дату и удаляет все, старше определенной даты.
Я думаю, что вы также можете посмотреть дату создания снимка, но я так и сделал.