У меня была похожая проблема с моим Eclipse Helios, который отлаживал Junits.Моя проблема была немного другой, так как я смог успешно запустить Junits, но когда я получал ClassNotFoundException при отладке тех же JUNIT.
Я перепробовал все виды различных решений, доступных на Stackoverflow.com и форумах в других местах, но ничегопохоже на работу.Поработав над этой проблемой в течение почти двух дней, я наконец нашел решение.
Если ни одно из решений не работает, просто удалите папку .metadata, созданную в вашей рабочей области.Это создаст дополнительные накладные расходы на импорт проектов и всех видов конфигурации, которые вы сделали, но это, несомненно, решит эту проблему.
Надеюсь, что это поможет.