Вы уверены, что ваш тестовый класс находится в папке сборки? Вы вызываете junit в отдельной JVM (fork = true), поэтому возможно, что рабочая папка изменится во время этого вызова, а сборка будет относительной, что может вызвать проблему.
Запустите ant из командной строки (не из Eclipse) с ключом -verbose или -debug, чтобы увидеть, как вызывается подробный classpath / рабочий каталог dir junit, и опубликуйте результаты здесь, если вы все еще не можете решить эту проблему .