Другой способ, которым это может раскрыться, и только что сделал для меня, - это если у вас есть ошибка сборки, о которой Eclipse не сообщает вам. Если компиляция модульного теста завершится неудачно, то файла .class не будет, и вы получите ClassNotFoundException.
В моем случае отсутствовал файл jar третьей стороны. Когда я запустил тест, у меня появилось всплывающее окно с надписью «В необходимых проектах есть ошибки». Я работаю с огромным проектом, и я всегда получаю это сообщение, потому что часть источника недоступна для затмения (длинная история). Также это не говорит, что ошибки. Поэтому я нажимаю «Продолжить» и получаю исключение.
Как только я понял, что происходит, это было легко исправить, добавив отсутствующий jar в путь к классам в Run -> Debug Configurations ...
Я не уверен, как лучше всего обнаружить или предотвратить это, кроме как знать об этой возможности, когда что-то идет не так, и проверять ваши последние изменения на предмет того, что могло пойти не так.