Это ошибка в NetBeans. Швы исправлены в NetBeans 7.2 и выглядят еще лучше в NetBeans 7.3, так что, возможно, вы могли бы попробовать обновление. Я нахожу это стабильным и надежным.
Обратите внимание, что вы можете установить более одной версии NetBeans на тот случай, если вам нужно переключиться, и, поскольку вы используете git и push, вы не должны бояться потери данных.