Внутри консольного приложения добавьте ссылку на System.Windows.Forms.dll и используйте другие методы, о которых вы читали.Выбор консоли и Windows Exe влияет только на заголовок PE (и, возможно, шаблон кода по умолчанию, но вы можете взломать это тривиально);вы все еще можете использовать полный каркас в консоли exe.
Мышь, которой вы хотите управлять, находится в windows, а не в консоли.