Вы также можете отправлять аргументы:
variableNamePython = subprocess.Popen(["java", "-jar", "lib/JavaTest.jar", variable1, variable2, variable3], stdout=subprocess.PIPE)
JavaVariableReturned = variableNamePython.stdout.read()
print "The Variable Returned by Java is: " + JavaVariableReturned
Код Java для получения этих переменных будет выглядеть так:
public class JavaTest {
public static void main(String[] args) throws Exception {
String variable1 = args[0];
String variable2 = args[1];
String variable3 = args[2];