В файле configure.ac вы можете выполнить:
AC_SUBST([APP1VERSION],[1.2.3])
AC_SUBST([APP2VERSION],[0.0.1])
AC_DEFINE_UNQUOTED([APP1VERSION],["$APP1VERSION"],[Version of app 1])
AC_DEFINE_UNQUOTED([APP2VERSION],["$APP2VERSION"],[Version of app 2])
Эти версии не зависят от PACKAGE_VERSION, но в файлах .c вы можете просто объединить их:
printf( "%s", PACKAGE_VERSION APP1VERSION );