Это полностью зависит от вашего сценария.
Теоретически, наличие индексов отрицательно влияет на вставки.Но вы должны рассмотреть компромисс.
Например;если промежуточная таблица загружается только один раз в течение цикла ETL, и она читается несколько раз, и вы создали индексы, улучшающие ваши выборки / объединения, вы обязательно получите преимущества от индексов.
Обычно промежуточные таблицы очищаются иперезагружается в каждом цикле ETL.В этом случае индексы должны часто перестраиваться.
Также должна проверяться статистика по индексам.