Я мало что знаю о FOP, но работает простой пример с изображениями:
C:\j\fop-1.0>set JAVACMD=\ikvm-0.44.0.5\bin\ikvm.exe
C:\j\fop-1.0>fop -fo examples\fo\basic\images.fo -pdf images.pdf
В результате файл images.pdf выглядит хорошо.
Если у вас есть сценарий репро для этого, не стесняйтесь, присылайте его мне (jeroen@frijters.net), и я посмотрю.
Обновление: Спасибо за .png, вызвавший проблему. Я воспроизвел проблему с 0.44, но в текущей версии разработки она работает правильно. Самый последний снимок разработки доступен по адресу http://weblog.ikvm.net/