для этого можно создать событие после сборки, которое скопирует проекты app.config и переименует его в ConsoleApp.exe.config.
Вы также можете просто создать в своем проекте файл с именем ConsoleApp..exe.config и заполните его конфигурацией, необходимой для тестов, и скопируйте ее в выходной каталог.это будет мое предпочтительное решение, так как это будет означать, что тесты будут контролировать конфигурацию и не будут затронуты потенциальными изменениями app.config в проекте консольных приложений.