Просто измените ниже строки
mapView = [[MKMapView alloc] initWithFrame:self.view.bounds];
На
mapView = [[MKMapView alloc] initWithFrame:CGRectMake(self.view.frame.origin.x,44,self.view.frame.size.width,self.view.frame.size.height-44)];
И это будет работать как шарм.Дайте мне знать, если это не так.