Если вы обнаружите, что делаете подобные вещи регулярно, возможно, стоит изучить объектно-ориентированный интерфейс с matplotlib. В вашем случае:
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
x = np.arange(5)
y = np.exp(x)
fig1, ax1 = plt.subplots()
ax1.plot(x, y)
ax1.set_title("Axis 1 title")
ax1.set_xlabel("X-label for axis 1")
z = np.sin(x)
fig2, (ax2, ax3) = plt.subplots(nrows=2, ncols=1) # two axes on figure
ax2.plot(x, z)
ax3.plot(x, -z)
w = np.cos(x)
ax1.plot(x, w) # can continue plotting on the first axis
Это немного более многословно, но гораздо яснее и проще для отслеживания, особенно с несколькими фигурами, каждая с несколькими подзаговорами.