Если я правильно понимаю, HttpModule будет выполняться для каждого запроса, поступающего в ваше приложение, тогда как HttpHandler будет выполняться только для зарегистрированного расширения.
Таким образом, к приложению могут быть и другие запросы, кроме тех, которые вы делаете вашему обработчику.