Ну, я думаю, что самый простой способ - просто не заботиться о том, является ли файл XML или нет, и просто конвертировать:
Get-Content file.foo -Encoding Unicode | Set-Content -Encoding UTF8 newfile.foo
Это будет работать только для XML, когда нет
<?xml version="1.0" encoding="UTF-16"?>
линия.