Для всего, что вы только что сказали, есть 2 способа сделать это:
1) Создайте его вручную, скопировав в папку то, что вам нужно в вашем war-файле, удалив ненужное, затем создайте указанный war-файл с помощью командной строки.
2) Создайте скрипт автоматизации, который сделает все за вас. Это может быть ANT или Maven (я лично предпочитаю Maven для управления зависимостями).
Последний - корпоративный способ сделать это, потому что его легко запустить («mvn clean install war»), и вы можете прикрепить скрипт к механизму автоматизации (например, hudson, bamboo, teamcity и т. Д.), Который затем может скомпилировать Протестируйте / разверните все, что что-то передано вашему контролю исходного кода.