Если ваши данные не сильно отличаются, вы можете вставить тики полуавтоматически, добавив команду plot с помощью set ytics ({"<label>"} <pos> {<level>} {,{"<label>"}...)
Просто используйте соответствующее количество точек, чтобы сюжет был четким.
Пример:
$ cat ex.data
0 0
1 3
2 2.2
5 5
7 1.2
9 4
12 9
15 5
, поэтому наши y-данные находятся в диапазоне от 0 до 9.
$ gnuplot
G N U P L O T
Version 4.4 patchlevel 3
last modified March 2011
System: Linux 3.2.0-24-generic
Copyright (C) 1986-1993, 1998, 2004, 2007-2010
Thomas Williams, Colin Kelley and many others
gnuplot home: http://www.gnuplot.info
faq, bugs, etc: type "help seeking-assistance"
immediate help: type "help"
plot window: hit 'h'
Terminal type set to 'wxt'
gnuplot> f(x) = x**2
gnuplot> set yrange [0:f(10)]
gnuplot> set ytics ("0" f(0), "5" f(5), "7.5" f(7.5), "10" f(10))
gnuplot> plot "ex.data" u 1:(f($2)) w l
Результат: