Если вы вручную скопируете плагин в своей папке Eclipse, то вы несете ответственность за его удаление. Поскольку вы не использовали механизм установки Eclipse, в Eclipse отсутствуют метаданные, необходимые для его удаления. В основном это говорит: «Я вижу, что это там, но я не знаю, как оно туда попало, так что лучше не удалять его».