Полагаю, вам просто нужно добавить цель "Package" в вашу сборку для веб-проекта.
/t:Build;Package
Я использовал эту цель в моей сборке tfs для создания папки _PublishedWebsite с zip-пакетом некоторое время, теперь с успехом.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Объяснение цели пакета
Если вы посмотрите на файл csproj для вашего веб-приложения как файл XML, вы увидите, что он включает в себя следующее
<Import Project="$(MSBuildExtensionsPath32)\Microsoft\VisualStudio\v10.0\WebApplications\Microsoft.WebApplication.targets" />
Это включает в себя несколько веб-целей в процессе сборки. Взломайте этот файл, и внизу вы увидите, что он в свою очередь включает
<Import Project="..\Web\Microsoft.Web.Publishing.targets" Condition="Exists('..\Web\Microsoft.Web.Publishing.targets')" />
Этот файл содержит определение процесса веб-развертывания для MSBuild. Вы увидите, что она объявляет переменную, обозначающую «цель», которая будет вызываться в Deploy, как «Пакет»
<DeployDefaultTarget Condition="'$(DeployDefaultTarget)'==''">Package</DeployDefaultTarget>
Если вы прочтете этот файл далее, он даст вам представление о том, как упаковка и развертывание работают под прикрытием, и каким набором свойств и целей вы можете манипулировать для настройки своей сборки.
Короче говоря, если вы позвоните
msbuild yourwebapplication.csproj /t:Package /p:Configuration=Release
Он должен создать вам пакет веб-развертывания для конфигурации выпуска вашего приложения.