Вы можете сделать что-то вроде следующего:
import os, shutil
dir1 = r'/path/to/dir/1'
dir2 = r'/path/to/dir/2'
copy_dest = r'/path/to/copy/dirs/to'
dir1_folders = [dir for dir in os.listdir(dir1) if os.path.isdir(os.path.join(dir1, dir))]
dir2_folders = [dir for dir in os.listdir(dir2) if os.path.isdir(os.path.join(dir2, dir))]
for dir in dir1_folders:
if dir in dir2_folders:
shutil.copytree(os.path.join(dir1, dir), os.path.join(copy_dest, dir))
По сути, пройдитесь по каждому каталогу, создав список его подкаталогов, сравните их, и для совпадений скопируйте их (используя copytree в случае наличия подкаталогов) в третье место.