Передать $ out в качестве параметра 'exec', чтобы возвращаемый результат оболочки был сохранен в этой переменной.
myshell.sh
#!/bin/bash
echo $1
myphp.php
<?php
$param = "HEY, this is Output";
exec("sh myshell.sh \"${param}\"", $out);
print_r($out);
?>
Затем вызовите PHP-скрипт
$ php myphp.php
Array
(
[0] => HEY, this is Output
)
Возможно, у вас возникли проблемы с разрешением при запуске Shell или даже с настройкой PHPможет быть не так.