Использование nipype для применения регистрации FLIRT к дополнительной ошибке изображения - PullRequest
Новая
       36

Использование nipype для применения регистрации FLIRT к дополнительной ошибке изображения

0 голосов
/ 11 августа 2011

Я пытаюсь сделать некоторую регистрацию в python, используя пакет nipype. Сработало для базовой регистрации: 

from nipype.interfaces import fsl
from nipype.testing import example_data
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myInput.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'moved_subject.nii'
flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
res = flt.run()

Это привело к успешной регистрации. Тем не менее, я пытаюсь применить это преобразование регистрации к изображению, не относящемуся к мозгу, в том же пространстве, что и входная МРТ, используя вывод flt.inputs.out_matrix_file = 'subject_to_template.mat'.

Я попробовал следующее: 

from nipype.interfaces import fsl
flt = fsl.FLIRT(bins=640, cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = 'myNonBrainImage.img'
flt.inputs.reference = 'myReference.img'
flt.inputs.out_file = 'regNonBrain.nii'
flt.inputs.in_matrix_file = 'subject_to_template.mat'
flt.inputs.apply_xfm = True
res = flt.run()

Надеюсь, что флаг flt.inputs.in_matrix_file и flt.inputs.apply_xfm = True переопределит стандартную регистрацию и просто использует матрицу для регистрации дополнительного изображения, но я получил эту ошибку: 

INFO:interface:stderr 2011-08-10T14:59:17.307116:Unrecognised option D
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 775, in run
    runtime = self._run_interface(runtime)
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1050, in _run_interface
    self.raise_exception(runtime)
  File "/usr/bin/python27/lib/python2.7/site-packages/nipype-0.4.1-py2.7.egg/nipype/interfaces/base.py", line 1027, in raise_exception
    raise RuntimeError(message)
RuntimeError: Command:
flirt -in RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A.img -ref clo010809T1Gd.img -out regDose.nii -omat /root/Desktop/Test Data/RF8869_3D_XRT_Dose_CT_A_flirt.mat -applyxfm -bins 640 -searchcost mutualinfo -init subject_to_template.mat
Standard output:

Standard error:
Unrecognised option D
Return code: 255
Interface FLIRT failed to run.

Знаете ли вы, почему и как я могу это решить?

1 Ответ

2 голосов
/ 20 августа 2011

В каталоге / имени файла есть пробел, содержащий ваши изображения:

/ root / Desktop / Тестовые данные

Переименуйте тестовые данные в Test_Data, и они будут работать

...