Если вы хотите, чтобы всплывающее окно выскакивало, даже если пользователь не обновляет страницу, вам необходимо разработать механизм опроса (с использованием JS) и вызвать веб-службу, чтобы выяснить, есть ли новые элементы.
В противном случае вам просто нужно добавить веб-часть на страницу, которая будет проверять загрузку страницы.
Мы сделали нечто подобное, показав пользователям, сколько документов в библиотеке документов есть, которые каждый пользователь не прочитал. мы использовали объект SPAudit, чтобы узнать, какие элементы были просмотрены каким пользователем. Конечно, он должен быть оптимизирован для производительности, поэтому мы просто проверяем некоторые из последних элементов, а не все. Мы даже добавили это в меню быстрых ссылок, так что рядом с каждой библиотекой документов появляется номер документа, который текущий пользователь еще не прочитал, это действительно круто, очень похоже на то, что вам нужно.