Хотя я не знаком с TFS, у меня возникли аналогичные проблемы при попытке настроить CI с помощью TeamCity из JetBrains. Я предполагаю, что вы пытаетесь подписать свои сборки или XAP так, как показано ниже:
Если это так, то проблема, с которой вы сталкиваетесь, заключается в том, что TFS, вероятно, работает под учетной записью SYSTEM, тогда как сертификат подписи кода установлен под вашей учетной записью. Таким образом, учетная запись SYSTEM не имеет доступа к сертификатам, установленным под вашей учетной записью. К сожалению, я не знаю ни одного способа решения этой проблемы, кроме подачи заявки на устранение неполадок с Microsoft .
Надеюсь, это немного поможет.