Нет, это невозможно.На данном этапе жизненного цикла приложения не существует формы .А в режиме IIS Integrated у вас даже нет доступа к объектам HttpContext, таким как Request, Response, Session, ... Поэтому говорить об элементах управления и формах в Application_Start просто не имеет никакого смысла.