У нас была похожая проблема, и мы использовали пакет "resolvconf" (как его назвали, по крайней мере, в Ubuntu)
http://packages.debian.org/sid/resolvconf
Чтобы синхронизировать наши пользовательские изменения.
Похоже, что происходит, когда экземпляр EC2 будет выполнять обновление DHCP, и, хотя EC2 говорит, что ваш внутренний IP не изменит побочный продукт этого обновления, он перезаписывает /etc/resolv.conf - путем жарки любоговаших изменений.Если вы используете resolvconf и конфигурируете конфигурацию ITS с вашими пользовательскими изменениями, то после обновления она объединит ваши изменения плюс то, что получит от DHCP, и запишет ее обратно в /etc/resolv.conf, что сохранит ваши настройки.
Работает у нас довольно хорошо.