Вы, вероятно, могли бы создать строку с переменными, используя snprintf, а затем передать команду popen, которая возвращает файл с выводом. Например:
char buffer[1024];
snprintf(buffer, sizeof(buffer), "<insert command here>", var1, var2);
FILE output = popen(buffer, "r");
Я знаю, что вы направили вывод в result.txt в вашей команде, однако, если вы просто собираетесь использовать вывод в вашей c-программе, файла, возвращаемого popen, должно быть достаточно. Я сам не пробовал, поэтому дайте мне знать, если это работает.