Ответ фактический на ваш вопрос (при условии, что файл .gitignore, на который вы ссылаетесь, находится в корне структуры вашего проекта):
A.) Если вы используете Windows, убедитесь, что .gitignore не является скрытым файлом. Щелкните правой кнопкой мыши файл в проводнике Windows и выберите свойства, затем убедитесь, что скрытый не отмечен. Это связано с проблемой IDE на основе Eclipse со скрытыми файлами.
B.) Отредактируйте .gitignore и добавьте в строку следующее:
/.gitignore
C.) Сохраните файл, затем щелкните по нему правой кнопкой мыши в Aptana и выберите «Отследить» в меню команды.
EGit теперь должен анализировать файл, как и ожидалось, но не добавлять его в систему управления версиями.