Когда я генерирую свои объекты, у меня есть файл с префиксом ~, такой как файл резервной копии или что-то
~
Это ошибка или вам нужно вручную удалить их?
Да, это файл резервной копии, сгенерированный EntityGenerator в Doctrine 2.
EntityGenerator
Вам просто нужно установить свойство backupExisting в false в EntityGenerator классе.Расположение файла \Doctrine\ORM\Tools\EntityGenerator.
backupExisting
false
\Doctrine\ORM\Tools\EntityGenerator