Из официальной документации в командной строке Symfony2:
$> php app/console help doctrine:generate:entities
....
По умолчанию резервная копия неизмененной версии каждого объекта и
сохранено (например, Product.php ~). Чтобы эта задача не создавалась
файл резервной копии, передайте опцию --no-backup:
php app/console doctrine:generate:entities Blog/Entity --no-backup
Итак, подведя итог, вы можете добавить опцию --no-backup в вашу команду.