Вы можете использовать Триггер, чтобы указать, какой цвет должен быть у элемента при его выборе.
<Style TargetType="{x:Type ComboBoxItem}">
<Setter Property="Background" Value="White" />
<Style.Triggers>
<Trigger Property="IsSelected" Value="True">
<Setter Property="Background" Value="Green" />
</Trigger>
</Style.Triggers>
</Style>
Чтобы изменить цвет элемента, над которым находится мышь, вам нужно перезаписать HighlightBrushComboBox, так как это системный цвет.Вы также можете сделать это в своем стиле
<Style TargetType="{x:Type ComboBoxItem}">
<Style.Resources>
<SolidColorBrush x:Key="{x:Static SystemColors.HighlightBrushKey}" Color="Yellow"/>
</Style.Resources>
<Setter Property="Background" Value="White" />
<Style.Triggers>
<Trigger Property="IsSelected" Value="True">
<Setter Property="Background" Value="Red" />
</Trigger>
</Style.Triggers>
</Style>