Нет, это не должно иметь значения.
Количество установленных пакетов не должно влиять на скорость работы или загрузку пакета. Установка пакета не помещает их в оперативную память или что-либо еще, а просто устанавливает файлы на жесткий диск. Так что худшее, что может случиться, это то, что вам не хватает физического пространства.
Теперь, если вы ЗАГРУЗИЛИ все 1000 пакетов, вы можете увидеть снижение производительности, так как это займет ОЗУ.