Вы, вероятно, используете версию ffmpeg-php, скомпилированную с ffmpeg версии менее 0.7 (которая является первой версией, поддерживающей многопоточность).
Кстати, я не уверен, но, вероятно, даже если вы будете использовать большепоследняя версия ffmpeg для сборки расширения ffmpeg-php, сам php должен быть собран как многопоточный (который не используется по умолчанию и не предоставляется пакетами в большинстве дистрибутивов Linux)