У вас уже есть запрос SELECT, который будет извлекать значения из обеих таблиц одновременно? Если вы это сделаете, вы можете сделать что-то вроде:
INSERT INTO REF_STORES (id, store_name, var_a, var_ab, var_ca)
SELECT id, store_name, var_a, var_a + var_b, var_c + var_a
FROM [however you're joining the two tables]