Я получил ответ / решение от группы Google xuggler-users, кредиты Навину Бхутаде:
solve it by including the Xuggle variables before runing the netbeans like this:
export XUGGLE_HOME=/home/xyzuser/xuggler
export PATH=$XUGGLE_HOME/lib:$XUGGLE_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$XUGGLE_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/usr/share/netbeans/6.9/bin/./netbeans"
Я использую eclipse, поэтому я просто изменил последнюю строку, запустив eclipse из его папки черезкомандная строка и все работало просто отлично.
Примечание. Если я экспортирую переменные и попытаюсь открыть eclipse из ярлыка на рабочем столе, это не сработает.Точка быстрого доступа к тому же файлу, который я запускал из командной строки
TLDR: переменные экспорта, полученные после установки, запускают Eclipse из терминала.