Как видно на домашней странице xuggler, вам нужно будет установить xuggler на каждую машину, на которой вы собираетесь использовать вашу программу.
Поэтому вы не сможете сделать независимый исполняемый jar .
Одним из решений будет поставка установки xuggler вместе с вашей программой и запрос пользователя, установит ли он ее для запуска вашей программы.