В текущем рабочем каталоге , в котором выполняется программа. Вам нужно будет увидеть, где именно Netbeans вызывает вывод двоичного файла, но, скорее всего, вы захотите, чтобы ваш файл input.txt находился в том же каталоге. Возможно, подкаталог bin, где бы ни находился ваш источник.