Кажется, нет никакого способа сделать это. Я думаю, что часть идеи полноэкранного режима состоит в том, что у вас не может быть открыты другие окна поверх полноэкранного окна.
Попробуйте открыть Xcode в полноэкранном режиме, затем откройте окно органайзера, и вы поймете, что я имею в виду. Органайзер открывается в своем собственном пространстве полноэкранного режима.
Что имеет смысл, хотя в этом случае это неудобно. Я думаю, что если бы Apple предоставила симулятору iOS свой собственный полноэкранный режим, это было бы лучше, чем просто выбросить его на рабочий стол.
Похоже, что идеальным решением для Apple было бы интегрировать симулятор iOS в среду отладки Xcode, аналогично тому, что они сделали с Interface Builder в Xcode 4.