Это поздний ответ, но я недавно столкнулся с этой же проблемой, когда первоначально клонировал git-репозиторий. EGit показывал все файлы как измененные, хотя он только что был клонирован, а git bash не показывал изменений в файлах.
Поскольку вы обычно не хотите, чтобы autocrlf = false на компьютерах с Windows, я оставил autocrlf = true и клонировал репозиторий. Затем в EGit я зафиксировал все ложные изменения во всех файлах и, наконец, в git bash вернул предыдущий коммит с git reset --hard HEAD^1. Это заставило EGit думать, что окончания строк были правильными, без необходимости касаться реального хранилища. Коммиты и тянет после этого момента не воспроизвели путаницу EGit в моей конфигурации. Кроме того, при отправке в хранилище неожиданных изменений в конце строки не происходит.