Gems устанавливаются на уровне системы, а плагины устанавливаются на уровне приложения. Это означает, что если два или более приложений работают на одном сервере, они могут совместно использовать гемы, но у каждого будут свои собственные плагины. А пока я предлагаю использовать гемы, так как их легче поддерживать в масштабе приложений.