include не возвращает содержимое файла include, просто поместите код этого файла в то место, где этот файл включен.
И переменные, объявленные в файлах, доступны после оператора include.но поскольку вы пытаетесь получить к ним доступ вне функции, переменная не будет доступна, поскольку они теперь являются областью действия функции.
Вы можете обновить свой код, добавив этот файл извне функции.
function moduleInclude($mid) {
$query = "SELECT file,type FROM sh_module WHERE mid = '{$mid}'";
$exe = mysql_query($query);
$row = mysql_fetch_array($exe);
$folder = moduleFolder($row['type']);
return "../includes/modules/".$folder."/".$row['file'];
}
//Load the vars
$include_path=moduleInclude($mod_ship);
include $include_path;
$ship_meth = $MODULE_title_client;