Как сказал @splix, развертывание двух приложений с разными языками в одном приложении кажется невозможным. Так как насчет обходного пути вместо этого? Установите сервлет / pythonapp в вашем приложении Java, которое будет перенаправлять все запросы на mypythonapp.appspot.com через URLFetch.
Недостаток этого обходного пути, который мне приходит в голову, заключается в том, что вы теряете информацию о вошедшем в систему пользователе, предоставленную пользовательским API, поэтому вам необходимо будет прикрепить информацию к перенаправленному запросу. В зависимости от сценария вашего приложения, я не знаю, будет ли это остановка шоу или нет.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я имел в виду, что Питер предложил использовать разные версии, а не развертывать их как совершенно другое приложение, извините, что я перепутал их. Развертывание в другом приложении означало бы, что ваше приложение Python и приложение Java не могут использовать общее хранилище данных.
Разница в моем ответе заключается в том, что вы можете использовать URLFetches для пересылки запросов между различными версиями вашего приложения. Но выполнение перенаправления на стороне клиента согласно совету Питера, а не на стороне сервера, как в моем ответе, вероятно, было бы менее хакерским.