Ну, вообще говоря, .htaccess предназначен только для настроек для каждого каталога, а httpd.conf для настроек для всего сервера . Кроме того, доступ к файлу .htaccess
добавляет небольшие накладные расходы, но это, вероятно, не ваша проблема.
И да, вы можете use regular expressions in the httpd.conf