Есть много способов сделать это, я обычно использую fread
fileId = fopen('mybinaryfile.dat','r'); %# open the file for reading
myData = fread(fileId,Inf,'double'); %# read everything (Inf) in the file as 'double' values
Если ваши данные вряд ли поместятся в памяти, вы можете получить к ним доступ, используя несколько операций чтения
sizeToRead = 10000; %# limit size to 10000 values
fileId = fopen('mybinaryfile.dat','r'); %# open the file for reading
keepGoing=1; %# initialize loop
while(keepGoing)
%# read a maximum of 'sizeToRead' values
myData = fread(fileId,sizeToRead,'double');
%# ...
%# process your data here
%# ...
%# make the loop stop if end of file is reached or error happened
if numel(myData) ~= sizeToRead
keepGoing=0;
end
end